2001年12月，筹建国家磁浮交通工程技术研究中心。

2005年4月，国家磁浮交通工程技术研究中心通过科技部验收。

2012年7月，国家磁浮交通工程技术研究中心依托单位变更为同济大学。

2024年9月，磁浮中心、轨交院、交通运输工程学院融合为交通大学科，磁浮中心相对独立运行。